ワカメ・コンブなど水深5~10mの岩礁域に形成される海中林やそれより浅い岩上に生育するアマモ類のアマモ場などの藻場再生が磯焼け対策として有効である。
藻場は魚類や甲殻類等様々な生物の隠れ場所や産卵場所の提供、そして光合成による水の浄化や酸素の供給などの役割を果たいる。またそこにいる植物や生物は多様性が高く、日本の食生活には欠かせない漁場を形成してきた。
藻場再生には食害生物の密度を下げることや、栄養塩など海中肥料を与えることが行われており、徐々に成果を出している。
磯焼けをなくすことは、かつての漁場を取り戻すことなり、豊かな水産資源の確保へと繋がる。